Удалите ненужные виртуальные таблицы

int sqlite3_drop_modules(
  sqlite3 *db,                /* Remove modules from this connection */
  const char **azKeep         /* Except, do not remove the ones named here */
);

Интерфейс sqlite3_drop_modules(D,L) удаляет все виртуальные модули таблиц из соединения с базой данных D, кроме названных в списке L. Параметр L должен быть NULL или указателем на множество указателей на последовательности, где множество закончено единственным NULL. Если параметр L = NULL, то все виртуальные модули удалены.

См. также: sqlite3_create_module()